HDO er plassert på Gjøvik. Foretaket er delt inn i 2 avdelinger: avdeling for Kunde- og tjenesteforvaltning og avdeling for Drift og endringer. I tillegg har HDO en stab for økonomi og innkjøp, administrasjon og HR.

Foretaket har fire eiere: Helse Sør-Øst RHF, Helse Nord RHF, Helse Midt-Norge RHF og Helse Vest RHF, hvorav eierandelene er på 40 prosent til Helse Sør-Øst RHF og 20 prosent hver til de tre andre RHFene.

Administrerende direktør er Lars Erik Tandsæther.

Videre består ledelsen i HDO av;

• Administrasjonssjef - Økonomi, innkjøp, administrasjon og HR; Rune Wester
  
• Avdelingsleder - Kunde- og tjenesteforvaltning; Vegar Hermansson
• Avdelingsleder - Drift og endringer; Anita Østlund